Một trong những phương thức thực hiện quyền giám sát tối cao của Quốc hội là chất vấn Thủ tướng Chính phủ, các thành viên Chính phủ tại kỳ họp Quốc hội. Hoạt động này giúp Quốc hội đánh giá năng lực, trình độ, trách nhiệm, mức độ hoàn thành nhiệm vụ của các thành viên Chính phủ. Mặt khác đây cũng là căn cứ để các đại biểu Quốc hội định kỳ lấy phiếu tín nhiệm hoặc kiến nghị với Ủy ban thường vụ Quốc hội xem xét trình Quốc hội việc bỏ phiếu tín nhiệm đối với những người giữ các chức vụ do Quốc hội bầu hoặc phê chuẩn. Thời gian qua, Quốc hội đã có nhiều đối mới trong hoạt động chất vấn và trả lời chất vấn. Đối với quy trình chất vấn, trước hết, Ủy ban thường vụ Quốc hội báo cáo kết quả giám sát về việc giải quyết các kiến nghị của cử tri, sau đó tiến hành chất vấn và trả lời chất vấn trực tiếp tại hội trường (trước đây chỉ có một phần là chất vấn và trả lời chất vấn, không có báo cáo kết quả giám sát). Nội dung chất vấn xuất phát từ thực tiễn và tập trung vào những vấn đề chung, mang tầm vĩ mô; những vấn đề bức xúc nổi cộm mà cử tri và dư luận xã hội quan tâm.
Đồng thời, trước mỗi kỳ họp có hàng ngàn ý kiến, kiến nghị của cử tri được Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, Ủy ban thường vụ Quốc hội tổng hợp. Thông qua hoạt động giám sát, tổng hợp ý kiến của cử tri và các câu hỏi chất vấn của đại biểu Quốc hội, chủ tọa kỳ họp lựa chọn, cân nhắc vấn đề có thể trả lời chất vấn tại kỳ họp để trao đổi thống nhất với Thủ tướng Chính phủ và đưa ra xin ý kiến của Quốc hội. Hoạt động chất vấn của đại biểu Quốc hội và hoạt động trả lời chất vấn tại phiên họp của Quốc hội được Quốc hội đánh giá bằng hình thức “ra nghị quyết" để nhân dân và đại biểu Quốc hội theo dõi việc thực hiện.