Thông thường, người ta chỉ nhắc đến giám sát kiểm toán, bởi hoạt động kiểm toán nhằm giúp Chính phủ kiểm tra đánh giá về tính trung thực hợp lý của các đơn vị sử dụng ngân sách Nhà nước thông qua các bảng khai tài chính để đưa ra các giải pháp hiệu quả trong việc quản lý các hoạt động tài chính. Đồng thời, đánh giá năng lực quản lý của các đơn vị sử dụng ngân sách nhà nước, trong đó có các doanh nghiệp Nhà nước nhằm điều chỉnh và xử lý kịp thời các sai phạm.
Để hỗ trợ hoạt động kiểm toán Nhà nước hoạt động hiệu quả thì việc tiến hành xây dựng và hoàn thiện cơ chế đối với hệ thống kiểm toán nội bộ là rất cần thiết. Việc xây dựng ban hành phạm vi và chức năng kiểm toán nội bộ sẽ là tiền đề cho hệ thống tài chính công khai minh bạch của Chính phủ.
Quyết định số 832/TC/QĐ/CĐKT của Bộ Tài chính ngày 28/10/1997 ban hành quy chế kiểm toán nội bộ được xem là cơ sở pháp lý đầu tiên quy định về đối tượng, phạm vi, chức năng, nhiệm vụ, nguyên tắc và nội dung cũng như cơ cấu tổ chức nhân sự của kiểm toán nội bộ. Tiếp đó là các văn bản quy định về tổ chức bộ máy kiểm toán nội bộ tại doanh nghiệp nhà nước quy định tại Thông tư số 52/1998-TT/BTC ngày 16/4/1998, công văn hướng dẫn về việc bổ nhiệm kiểm toán viên nội bộ và quy trình thực hiện kiểm toán nội bộ đối với các doanh nghiệp nhà nước được quy định tại Thông tư 171/1998-TT/BTC ngày 22/12/1998.
Riêng đối với các cơ quan hành chính nhà nước, chưa có quy định về kiểm toán nội bộ trong thời gian này, đến năm 2004 Bộ tài chính ban hành Quy chế về tự kiểm tra tài chính, kế toán tại các cơ quan, đơn vị có sử dụng kinh phí ngân sách Nhà nước tại Quyết định số 67/2004/QĐ-BTC ngày 13 tháng 8 năm 2004. Đây được xem là cơ chế kiểm soát tài chính về tình hình sử dụng ngân sách Nhà nước của Chính phủ thông qua việc đánh giá tình hình triển kahi chấp hành dự toán ngân sách hàng năm tại đơn vị theo quy định của pháp luật về ngân sách Nhà nước, tình hình chấp hành công tác thực hành tiết kiệm, chống lãng phí của đơn vị. Đánh giá chất lượng hoạt động, tình hình chấp hành cơ chế chính sách và quản lý các khoản thu, chi tài chính, quản lý sử dụng tài sản, tiền vốn, sử dụng quỹ lương, quỹ thưởng, các quỹ của cơ quan và công tác đầu tư xây dựng cơ bản trong đơn vị. Đồng thời, phát hiện và chấn chỉnh kịp thời các sai phạm, áp dụng các biện pháp xử lý các sai phạm theo đúng thẩm quyền đã được phân cấp, cùng với đó tổ chức rút kinh nghiệm, đánh giá những tồn tại, tìm ra nguyên nhân và đưa ra phương hướng, biện pháp khắc phục nhằm tăng cường công tác quản lý tài chính, kế toán tại đơn vị sử dụng ngân sách.
Hiện nay, văn bản có giá trị pháp lý cao nhất quy định chung đối tượng kiểm toán nội bộ bao gồm các cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, Các đơn vị sự nghiệp công lập, các tổ chức, cá nhân khác có liên quan đến hoạt động kiểm toán nội bộ.
Ở các nước phát triển, kiểm toán nội bộ được xem trọng từ những bước cơ bản nhất để khắc phục những hạn chế về năng lực mở rộng, phạm vi, chức năng kiểm toán nội bộ thông qua kiểm toán các hóa đơn thanh toán đến lĩnh vực có thể đem lại tác động lớn hơn trong quản lý tài chính công. Trên thực tế, kiểm toán nội bộ đóng vai trò quan trọng trong nhiều lĩnh vực, nhưng do thiếu nguồn lực, quyết định cần phải đưa ra thường chỉ tập trung vào các lĩnh vực ưu tiên và những yếu kém chủ yếu đã được xác định. Vì vậy, đối với các quốc gia đang phát triển việc tiến hành kiểm toán nội bộ để giám sát thông qua nhiều lĩnh vực sẽ mang lại hiệu quả cao hơn trong quản lý và sử dụng tài chính công. Chiến lực giám sát kiểm toán nội bộ thường được thiết lập theo hai hướng là tăng cường phạm vi kiểm toán nội bộ qua các nhóm đặc biệt ở mỗi đơn vị sử dụng ngân sách Nhà nước, đồng thời thực hiện và tăng cường công tác nhân sự để mở rộng phạm vi kiểm toán nội bộ.
Vấn đề kiểm toán nội bộ ở Việt Nam hiện đang có rất nhiều lĩnh vực chưa áp dụng chế độ kiểm toán nội bộ nên các lợi ích và hiệu quả sử dụng ngân sách Nhà nước kém dẫn đến các trường hợp thất thoát ngân sách và tình trạng tham nhũng gia tăng.
Thứ nhất, kỹ năng quan trọng trong việc giám sát kiểm toán nội bộ là việc đánh giá về kiểm soát nội bộ, đây là một trong những chức năng chính của kiểm toán nội bộ và đánh giá về mức độ phù hợp và hiệu quả của kiểm soát nội bộ trong các hệ thống hiện tại cũng như các hệ thống mới trước khi được áp dụng. Chính vì vậy, hệ thống kiểm toán nội bộ cần được đánh giá tại từng bộ, ban, ngành, cũng như theo từng chức năng. Việc đánh giá về hệ thống có thể là hoạt động hiệu quả nhất của kiểm toán nội bộ vì nếu có các biện pháp kiểm soát nội bộ tốt, hệ thống sẽ tự động có sự cân bằng và đối trọng và có khả năng tránh được các sai sót, bất thường và thao túng gian lận.
Thứ hai, khi tiến hành giám sát kiểm toán nội bộ cần chú trọng vào vấn đề hiệu chỉnh báo cáo của các đơn vị sử dụng ngân sách Nhà nước, bởi thông qua việc lập báo cáo tài chính định kỳ và báo cáo phục vụ để xác định tính hiệu quả trong quản lý và sử dụng ngân sách Nhà nước. Bên cạnh đó, cần xem xét các tiêu chuẩn, cơ chế hoạt động của cán bộ kiểm toán nội bộ thông qua các báo cáo thường xuyên và nhất quán về độ tin cậy và trung thực, đồng thời nghiên cứu, xem xét các khuyến nghị, cảnh báo bất kỳ xu hướng bất thường nào do kiểm toán viên nội bộ lập.
Thực tiễn nước ta, trong quá trình phát triển của hệ thống quản lý tài chính công, khái niệm hiệu quả hoạt động quá rộng so với trọng tâm tuân thủ về tài chính nên đòi hỏi nhiều kỹ năng và nguồn lực hơn với đảm bảo việc thực hiện hiệu chỉnh báo cáo của các đơn vị sử dụng ngân sách Nhà nước.
Thứ ba là giám sát kiểm toán nội bộ thông qua kiểm tra về trả lương và các hệ thống hưu bổng. Hiện nay lương và các chế độ theo lương (công tác phí, phụ cấp làm thêm giờ.v.v…) chiếm một tỷ lệ lớn trong chi tiêu của Chính phủ và thường có nguy cơ bị lạm dụng, chi sai mục đích, cân đối chi tiêu không theo kế hoạch, tham nhũng, lãng phí.v.v… vì vậy cần phải được giám sát thông qua hoạt động kiểm toán nội bộ ở tất cả các cấp có sử dụng ngân sách Nhà nước. Bên cạnh đó, thông qua cán bộ kiểm toán nội bộ để giám sát các hệ thống quản lý lương/thưởng đã áp dụng tin học hóa quản lý, đánh giá mức độ phù hợp về dữ liệu đầu vào khác nhau về bảng lượng, hiệu quả của các cơ chế kiểm soát đầu vào sẵn có, khả năng quy trình dễ gặp phải những sai sót hành chính, tính phù hợp của hoạt động giám sát những người xử lý việc chi trả tiền lương và hưu bổng, cơ chế cân bằng và đổi trọng và các đặc tính an ninh khác của hệ thống chi trả này.
Thứ tư, ngân sách Nhà nước được xác định nguồn thu chủ yếu từ các khoản thuế, phí, lệ phí vì vậy việc giám sát về công tác tổ chức thu là rất quan trọng. Tuy nhiên, việc kiểm soát các khoản liên quan đến phí, lệ phí như phí trước bạ, phí đăng ký, phí visa, tiền bản quyền, thu hồi vốn vay và tạm ứng, viện trợ không hoàn lại được tổng hợp một con số rất lớn nhưng không được giám sát ở mức độ kiểm toán nội bộ. Về lý thuyết, kiểm toán nội bộ cần đảm bảo tất cả các khoản thu ngân và nguồn thu đó phải được tổ chức thu nhanh chóng, gửi vào tài khoản và được hạch toán đầy đủ, nhưng thường thì việc kiểm toán nội bộ các khoản thu đó chỉ mang tính danh nghĩa và không được coi trọng hoặc hình thức thu (nộp tiền mặt), thời điểm thu không thống nhất cũng tạo nên việc khó kiểm soát công tác thu.
Để hoạt động giám sát kiểm toán nội bộ đạt hiệu quả trong công tác quản lý tài chính công thì việc tăng cường sử dụng công nghệ thông tin trong Chính phủ là rất cần thiết, điều này cũng tạo ra những thách thức mới đối với các cán bộ kiểm toán nội bộ. Tuy nhiên, việc áp dụng công nghệ thông tin cũng kỹ thuật kiểm toán tốt của các kiểm toán viên nội bộ vào hoạt động kiểm toán nội bộ sẽ góp phần tạo nên hệ thống kiểm toán Nhà nước phát triển, làm lành mạnh hóa việc quản lý và điều hành hệ thống tài chính công của Chính phủ. Vì vậy, khi xây dựng các hệ thống xử lý dữ liệu điện tử cần chú ý tới các biện pháp kiểm soát chung và kiểm soát ứng dụng. Các biện pháp kiểm soát chung liên quan đến môi trường vận hành của hệ thống, các biện pháp kiểm soát ứng dụng được lồng vào hệ thống và các chương trình tin học, đây là kỹ năng đòi hỏi cho những công việc đó vô cùng thiếu không chỉ riêng ở Việt Nam.
Do thiếu nhân sự và thiếu kỹ năng chuyên sâu, ta có thể thấy nhiều khi rất nhiều nhiệm vụ nêu trên không được thực hiện hoặc việc thực hiện chỉ mang tính hình thức. Để mở rộng phạm vi kiểm toán nội bộ ra các lĩnh vực đó theo hướng phi tập trung tại một quốc gia đang phát triển, có lẽ đó là điều không thực tế về mặt nguồn lực và chuyên môn sẵn có. Tuy nhiên, cải thiện về thông lệ làm việc, bằng cách chuyển từ kiểm tra trước hầu hết các phiếu chi sang phương thức lấy mẫu có thể đem lại những tiết kiệm đáng kể - cũng như cải thiện về quản lý chức năng kiểm toán bằng cách tập trung vào những lĩnh vực ưu tiên và những yếu kém quan trọng khác đã được xác định.
Kiểm toán Nhà nước được tiến hành tại các đơn vị sử dụng Nhà nước sẽ đạt kết quả tốt khi nguồn nhân lực của kiểm toán nội bộ có sẵn ở các đơn vị đạt yêu cầu chuyên nghiệp, kỹ năng của cán bộ kiểm toán nội bộ tốt. Vì vậy, chiến lược tăng cường kiểm toán nội bộ ở cấp trung ương, thường tại Bộ Tài chính, trước khi áp dụng mô hình phân cấp nhiều hơn. Sau khi năng lực đã được thiết lập tại các lĩnh vực sẽ đem hiệu quả cao hơn khi giám sát kiểm toán nội bộ. giai đoạn tiếp theo trong việc xây dựng chức năng kiểm toán nội bộ là tăng cường hoạt động mang tính hàng ngày hơn tại cấp bộ ngành.